A la Révolution, la statue en argent qui dominait l’autel majeur de la chapelle fut envoyée à la fonte. Lors de la réouverture de l’église au culte en 1807, Joseph-Elie Escaramagne offrit au sanctuaire une Vierge en bois, dite « Vierge au bouquet » qui se trouve aujourd’hui derrière l’autel de la crypte.
Il fallut attendre 1829 et des fonds suffisants pour commander une nouvelle statue à l’artiste marseillais Jean Baptiste Chanuel.

Réalisée d’après l’œuvre du sculpteur Jean-Pierre Cortot, l’orfèvre marseillais choisit le procédé très délicat du repoussé au marteau. En 1834, après cinq années de labeur et 12 000 coups de marteau, la nouvelle statue de six pieds de haut et de 80 kg fut enfin achevée.

Ce n’est que le 2 juillet 1837 que Monseigneur Fortuné de Mazenod, l’oncle de Monseigneur Eugène de Mazenod, bénit la Vierge qui remplace la statue de la Vierge « au bouquet » transférée dans la crypte.

Presque cent ans plus tard, le 21 juin 1931, la Vierge et l’Enfant furent couronnés par le Cardinal Louis-Joseph Maurin, Primat des Gaules et Légat du Pape Pie XI. Les fêtes du couronnement attirèrent près de 500 000 fidèles, plusieurs dizaines d’évêques et marquèrent le quinzième centenaire du Concile d’Ephèse qui déclarait Marie, Mère de Dieu.

Dès le XIIIe siècle la chapelle reçut une statue en bois de la Vierge à l’enfant. Comme le bois était sombre, les fidèles l’appelaient communément « La Brune ». Cette statue a disparu pendant la Révolution mais on peut admirer une copie en albâtre au-dessus du brûloir des veilleuses dans la chapelle latérale de gauche, la plus proche de l’entrée.

Comme celle de Saint Joseph, la statue a été réalisée et offerte en 1886 par le sculpteur et mécène marseillais Jules Cantini qui participa aux travaux de construction de la Basilique. Saint Pierre, l’un des premiers disciples de Jésus eut, parmi les douze apôtres, une place privilégiée. Premier évêque de Rome, il fonde à ce titre la primauté épiscopale, dont les papes successifs se réclament. Il porte dans sa main la clef du paradis.