Si la Révolution Française dispersa la totalité de la collection primitive, les aléas dramatiques de l’histoire apportèrent leurs lots de nouveaux ex-voto (épidémies, guerres, naufrages…) : les murs furent ainsi à nouveaux couverts des témoignages simples ou plus recherchés d’ex-voto qui nous donnent à contempler tout un pan de l’histoire des gens de Marseille.
Près de 2 500 objets sont aujourd’hui les témoins de notre passé. Ils ont débordé l’intérieur de la Basilique et s’affichent aussi dans la crypte et sur le parvis.
Lors des grands travaux de rénovation des années 2000, une partie des ex-voto fut décrochée pour être exposée dans le nouveau musée.