En 1793 : au cœur de la Révolution Française, le fort de Notre-Dame de la Garde est alors transformé en prison…
En novembre, le culte catholique est interdit en France : les trésors de la chapelle sont soit fondus, soit vendus aux enchères. Notre-Dame la Brune, Vierge en bois brun qui trônait alors dans le chœur de l’église, disparait à ce moment. Seul fut sauvé un Christ en croix, en bois polychrome, qui est encore visible dans la crypte.
En 1795 : Joseph-Elie Escaramagne, ancien marin et commerçant, loue la chapelle de Notre-Dame de la Garde, devenue bien national, la protégeant ainsi de plus amples dégradations. A-t-il voulu par ce geste remercier la Sainte Vierge d’avoir eu la vie sauve ? Toujours est-il qu’il essaie obstinément de rouvrir le sanctuaire au culte et qu’après de nombreux refus, il reçoit enfin l’autorisation en 1807.
En 1807 : La chapelle Notre-Dame de la Garde est rouverte aux croyants mais tous les objets cultuels ont disparu. Il achète alors aux enchères une statue de la Vierge Marie. A l’origine la main droite de la sculpture tenait un sceptre, mais celui-ci étant abîmé, on prit l’habitude de mettre un bouquet à sa place. Elle est alors communément appelée la Vierge au bouquet. Elle est toujours visible derrière l’autel de la crypte.
En 1837 : cette statue est remplacée dans l’église principale par la Vierge de Chanuel, magnifique statue en argent, qui domine actuellement l’autel majeur de la basilique.
Devant l’affluence des pèlerins, la chapelle est agrandie une première fois en 1833 et le clocher est reconstruit en 1843 pour accueillir un nouveau bourdon, disproportionné par rapport à la petite chapelle de Notre-Dame de la Garde.
En 1852 : après plusieurs demandes au Ministre de la Guerre, toujours propriétaire de la colline de la Garde, l’administration donne enfin un avis favorable pour la construction d’un nouveau sanctuaire, en lieu et place de la chapelle et donc toujours au sein du fort militaire.