Après la décision de la démilitarisation du fort prise quelques années auparavant, le Diocèse prit officiellement possession des terrains le 21 juillet 1941.

La quiétude du lieu est de courte durée. En novembre 1942, les Allemands tout juste arrivés à Marseille, prennent position sur la colline Notre-Dame qui domine la ville.
Le 23 août 1944, le Général de Monsabert arrive à Marseille. Malheureusement, le fort déclassé se retrouve au centre des combats acharnés pour la libération de la cité phocéenne car Notre-Dame de la Garde est un lieu stratégique où sont installées des batteries allemandes. Les échanges d’artillerie et le mitraillage des accès sont intenses.

Entre le 24 et le 28 août, les fantassins de l’Infanterie Algérienne, à majorité composée de soldats français musulmans, secondés par les chars, entreprennent la reconquête de la colline. Les combats sont très violents. Les Tirailleurs Algériens commandés par le Lieutenant Pichavant sont à la pointe des opérations.
Plusieurs FFI aident les militaires. L’un d’eux, Pierre Chaix-Bryan guide les troupes dans le dédale des rues marseillaises bloquées par les forces allemandes et réussit à ouvrir un passage par un escalier méconnu. Au n°26 de la Rue Jules Moulet, une plaque commémore cet acte décisif.
Le 25 août, les chars Sherman montent le boulevard Gazzino. L’un d’eux est stoppé net par le tir d‘un obus, ses trois occupants y laissent la vie. Ce témoin douloureux du passé est toujours visible place du Colonel Eddon.

Autour de 15h30, une section commandée par l’aspirant Roger Audibert à laquelle s’était joint l’aspirant Ripoll, prend d’assaut la colline. A 16h30, la tête de section est accueillie par Mgr Borel, Recteur de la Basilique, et par les religieuses courageusement restés dans le sanctuaire.

Le drapeau français est hissé au sommet du clocher. De la ville s’élève alors une immense clameur, la libération de la Bonne Mère augurait de la liberté prochaine de la cité.
Toutefois, les combats ne sont pas finis. La Basilique doit subir encore de sévères bombardements de la part des troupes allemandes réfugiées dans divers lieux de Marseille.
Le sanctuaire porte aujourd’hui encore de nombreux stigmates de ces combats.